Senin, 22 Juni 2015

Bioinformatika

BIOINFORMATIKA



Dewasa ini perkembangan ilmu Biologi semakin pesat semenjak ditemukannya metode sekuensing DNA. Dengan data DNA yang begitu melimpah dari berbagai macam spesies, maka diperlukan pengolahan data-data tersebut untuk berbagai keperluan. Data DNA tersebut diintegrasikan dalam suatu penyimpanan data dalam komputer yang kemudian muncul istilah bionfomatika. Bioinformatika sendiri merupakan cabang ilmu biologi yang memadukan pengetahuan biologi, bioteknologi, maupun biologi molekular dengan teknologi informasi yang berupa komputer dan internet. Salah satu tujuannya adalah untuk memahami organisme hidup melalui perkembangan bioinformasi.  

Dalam mempelajari bioinformatika terdapat tiga elemen, yakni database, analisa, dan prediksi. Elemen database ini meliputi database DNA, protein, dan transkripsi RNA. Kemudian elemen analisa meliputi kesamaan sekuens/urutan DNA (homology sequence) dan pencarian pola (pattern) pada urutan DNA. Sementara elemen prediksi meliputi prediksi fungsi gen/protein dan prediksi struktur 3D protein. 

Aplikasi bioinformatika tak lepas dari adanya peningkatan informasi biologi khususnya data sekuens DNA dan protein serta struktur protein. Peningkatan data-data tersebut menjadikan adanya komitmen secara internasional untuk melakukan kolaborasi berupa media penyimpanan data. Beberapa database disimpan oleh: 

1.    GenBank (NCBI) dari USA 
2.    EMBL (EBI) dari Eropa
3.    DDBJ dari Jepang 
Informasi yang tersimpan tersebut dapat diakses kapanpun dan dimanapun selagi terhubung oleh jaringan internet. Berbagai macam data sekuens baik DNA maupun protein dapat digunakan untuk berbagai macam keperluan seperti menentukan primer, analisis gen dan protein, kemiripan DNA interspesies maupun intraspesies, hubungan filogenetik, laju evolusi molekular, dan lain-lainnya.

Bioinformatika merupakan ilmu terapan yang lahir dari perkembangan teknologi informasi dibidang molekular. Pembahasan dibidang bioinformatik ini tidak terlepas dari perkembangan biologi molekular modern, salah satunya peningkatan pemahaman manusia dalam bidang genomic yang terdapat dalam molekul DNA.

Kemampuan untuk memahami dan memanipulasi kode genetik DNA ini sangat didukung oleh teknologi informasi melalui perkembangan hardware dan soffware. Baik pihak pabrikan sofware dan harware maupun pihak ketiga dalam produksi perangkat lunak. Salah satu contohnya dapat dilihat pada upaya Celera Genomics, perusahaan bioteknologi Amerika Serikat yang melakukan pembacaan sekuen genom manusia yang secara maksimal memanfaatkan teknologi informasi sehingga bisa melakukan pekerjaannya dalam waktu yang singkat (hanya beberapa tahun).

Perkembangan teknologi DNA rekombinan memainkan peranan penting dalam lahirnya bioinformatika. Teknologi DNA rekombinan memunculkan suatu pengetahuan baru dalam rekayasa genetika organisme yang dikenala bioteknologi. Perkembangan bioteknologi dari bioteknologi tradisional ke bioteknologi modren salah satunya ditandainya dengan kemampuan manusia dalam melakukan analisis DNA organisme, sekuensing DNA dan manipulasi DNA.

Sekuensing DNA satu organisme, misalnya suatu virus memiliki kurang lebih 5.000 nukleotida atau molekul DNA atau sekitar 11 gen, yang telah berhasil dibaca secara menyeluruh pada tahun 1977. Kemudia Sekuen seluruh DNA manusia terdiri dari 3 milyar nukleotida yang menyusun 100.000 gen dapat dipetakan dalam waktu 3 tahun, walaupun semua ini belum terlalu lengkap. Saat ini terdapat milyaran data nukleotida yang tersimpan dalam database DNA, GenBank di AS yang didirikan tahun 1982.

Bioinformatika ialah ilmu yang mempelajari penerapan teknik komputasi untuk mengelola dan menganalisis informasi hayati. Bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika,statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologi, terutama yang terkait dengan penggunaan sekuens DNA dan asam amino. Contoh topik utama bidang ini meliputipangkalan data untuk mengelola informasi hayati, penyejajaran sekuens (sequence alignment), prediksi struktur untuk meramalkan struktur protein atau pun struktur sekunder RNA, analisisfilogenetik, dan analisis ekspresi gen.

Bioinformatika pertamakali dikemukakan pada pertengahan 1980an untuk mengacu kepada penerapan ilmu komputer dalam bidang biologi. Meskipun demikian, penerapan bidang-bidang dalam bioinformatika seperti pembuatan pangkalan data dan pengembangan algoritma untuk analisis sekuens biologi telah dilakukan sejak tahun 1960an.

Kemajuan teknik biologi molekuler dalam mengungkap sekuens biologi protein (sejak awal 1950an) dan asam nukleat (sejak 1960an) mengawali perkembangan pangkalan data dan teknik analisis sekuens biologi. Pangkalan data sekuens protein mulai dikembangkan pada tahun 1960an diAmerika Serikat, sementara pangkalan data sekuens DNA dikembangkan pada akhir 1970an di Amerika Serikat dan Jerman pada Laboratorium Biologi Molekuler Eropa (European Molecular Biology Laboratory).

Penemuan teknik sekuensing DNA yang lebih cepat pada pertengahan 1970an menjadi landasan terjadinya ledakan jumlah sekuens DNA yang dapat diungkapkan pada 1980an dan 1990an. Hal ini menjadi salah satu pembuka jalan bagi proyek-proyek pengungkapan genom, yang meningkatkan kebutuhan akan pengelolaan dan analisis sekuens, dan pada akhirnya menyebabkan lahirnya bioinformatika.

Perkembangan jaringan internet juga mendukung berkembangnya bioinformatika. Pangkalan data bioinformatika yang terhubungkan melalui internet memudahkan ilmuwan dalam mengumpulkan hasil sekuensing ke dalam pangkalan data tersebut serta memperoleh sekuens biologi sebagai bahan analisis. Selain itu, penyebaran program-program aplikasi bioinformatika melalui internet memudahkan ilmuwan dalam mengakses program-program tersebut dan kemudian memudahkan pengembangannya.

Pangkalan Data sekuens biologi dapat berupa pangkalan data primer untuk menyimpan sekuens primer asam nukleat dan protein, pangkalan data sekunder untuk menyimpan motif sekuens protein, dan pangkalan data struktur untuk menyimpan data struktur protein dan asam nukleat.

Pangkalan data utama untuk sekuens asam nukleat saat ini adalah GenBank (Amerika Serikat), EMBL (the European Molecular Biology Laboratory, Eropa), dan DDBJ (DNA Data Bank of Japan, Jepang). Ketiga pangkalan data tersebut bekerja sama dan bertukar data secara harian untuk menjaga keluasan cakupan masing-masing pangkalan data. Sumber utama data sekuens asam nukleat adalah submisi (pengumpulan) langsung dari peneliti individual, proyek sekuensing genom, dan pendaftaran paten. Selain berisi sekuens asam nukleat, entri dalam pangkalan data sekuens asam nukleat pada umumnya mengandung informasi tentang jenis asam nukleat (DNA atau RNA), namaorganisme sumber asam nukleat tersebut, dan segala sesuatu yang berkaitan dengan sekuens asam nukleat tersebut.

Selain asam nukleat, beberapa contoh pangkalan data penting yang menyimpan sekuens primer protein adalah PIR (Protein Information Resource, Amerika Serikat), Swiss-Prot (Eropa), danTrEMBL (Eropa). Ketiga pangkalan data tersebut telah digabungkan dalam UniProt, yang didanai terutama oleh Amerika Serikat. Entri dalam UniProt mengandung informasi tentang sekuens protein, nama organisme sumber protein, pustaka yang berkaitan, dan komentar yang pada umumnya berisi penjelasan mengenai fungsi protein tersebut.

Perangkat bioinformatika yang berkaitan erat dengan penggunaan pangkalan data sekuens Biologi ialah BLAST (Basic Local Alignment Search Tool). Penelusuran BLAST (BLAST search) pada pangkalan data sekuens memungkinkan ilmuwan untuk mencari sekuens baik asam nukleat maupun protein yang mirip dengan sekuens tertentu yang dimilikinya. Hal ini berguna misalnya untuk menemukan gen sejenis pada beberapa organisme atau untuk memeriksa keabsahan hasilsekuensing atau untuk memeriksa fungsi gen hasil sekuensing. Algoritma yang mendasari kerja BLAST adalah penyejajaran sekuens.

PDB (Protein Data Bank, Bank Data Protein) ialah pangkalan data tunggal yang menyimpan model struktur tiga dimensi protein dan asam nukleat hasil penentuan eksperimental (dengan kristalografi sinar-Xspektroskopi NMR, dan mikroskopi elektron). PDB menyimpan data struktur sebagai koordinat tiga dimensi yang menggambarkan posisi atom-atom dalam protein atau pun asam nukleat.

sumber :http://bioinformatika-q.blogspot.com/
             http://www.generasibiologi.com/2012/08/bioinformatika.html

Rabu, 10 Juni 2015

Membuat Server Pada Ubuntu

Tugas Pemrograman Jaringan : Membuat Server Pada Ubuntu

 Yang dibutuhkan :

1.    Oracle VM Virtualbox
dapat di download di:https://www.virtualbox.org/wiki/Downloads
2.    File iso ubuntu server
dapat di download di: virtualboxes.org/images/ubuntuserver/

Langkah-langkah :

sekarang saatnya install
Pertama, install virtualbox nya terlebih dahulu. Cara peng-install-an dapa dilihat di sinihttp://krisnawanto777.blogspot.com/2014/02/membuat-jaringan-client-server-di.html

Lalu saatnya membuat virtual machine ubuntu server di virtualbox, caranya:

1. Pertama klik New atau Baru pada VM Virtualbox Manager.


2. pada kolom nama isikan nama untuk identitas pada virtual machine anda lalu klik Next

3. ukuran memori disesuaikan dengan kebutuhan anda by default besaran memori 512 MB.

4. klik Next untuk membuat Virtual Hardisk.

5. tipe berkas hardisk pilih VDI (Virtualbox Disk Image) klik Lanjut.

6. pada penyimpanan hardisk fisik pilih dinamik klik lanjut.

7. ukuran Hardisk defaultnya 8 GB silahkan sesuaikan dengan kebutuhan masing masing.

8. Virtual machine baru sudah terbentuk, langkah selanjutnya adalah pengaturan pada virtual machine.

9. pada kolom penyimpanan klik icon CD (kosong/Empty) lalu klik icon CD pada kolom Drive CD/DVD.


10. klik pada pilihan pilih sebuah berkas CD/DVD virtual.

11. Pilih file ISO pada tempat penyimpanan anda lalu klik open.

12. pada kolom jaringan/network disini saya akan menggunakan 2 buah network adapter, pada adapter 1 pilih NAT.

13. dan pada adapter 2 pilih adapter ter-bridge lalu klik OK.



LANGKAH INSTALASI SERVER

Jika virtual machine sudah dibuat di virtualbox, sekarang langkah instalasi Server pada virtual machine. Berikut langkah-langkahnya:

1. Klik Start / Mulai pada virtual machine yang telah dipilih


2. untuk pilihan bahasa pilih English.

 

3. pilih install Ubuntu Server.


4. Setelah ini anda akan diminta untuk mengkonfigurasi lokasi, bahasa, dan bahasa keyboard anda. Untuk konfigurasi keyboard anda, pilih no
 
5. pada Configure the Network pilih eth0

6. Masukan Hostname, hostname adalah nama untuk komputer. Lalu tekan TAB lalu enter


7. masukan nama lengkap user yang menggunakan komputer.

8. Lalu isi juga usernamenya.

9. Setelah mengisikan nama pengguna,anda diminta untuk memasukkan password.

10. disini anda diminta untuk masukan kembali password anda.




11. pada partitioning method pilih Guided – use entire disk and setup LVM



12. tekan enter pada pilihan select disk to partition.
 

13. jawab yes lalu enter.




14. continue




15. pilih yes lalu tekan enter.



16. pada pilihan proxy biarkan saja kosong



17. untuk pilihan software tekan tombol spasi untuk memilih software disini saya pilih OpenSSH Server.


18. untuk pilihan Install GRUB boot loader pilih yes.
19. Ubuntu Server siap digunakan. 



PERCOBAAN TOOLS

Tes Koneksi

1. Tes DHCP Hasil Konfigurasi (Tes di ubuntu 12)
ifdown

ifup


2. Tes DNS Hasil Konfigurasi (Tes di windows xp)

3. Tes FTP Hasil konfigurasi (Menggunakan filezila di tes di windows xp)
upload

hasil upload

4. Tes Web Hasil Konfigurasi (Tes di windows xp)

5. Tes Mail, gagal untuk mengkonfigurasikan tools ini dikarenakan peralatan yang terbatas

Kelompok :

- Ariani Kartika
- Anugerah Pekerti
- Haris Mei Fajri
- Jodhi Satrio